Filha de um matemático e filósofo, o Teão de Alexandria, conhecida como a primeira mulher matemática, Hipátia nasceu por volta de 355 d.c. da era vulgar, em Alexandria, que na época fazia parte do Império Romano, e foi criada pelo pai, pois sua mãe morrera enquanto ela ainda era bebê. Ela teve uma cuidadosa educação à base de arte, ciência, literatura e filosofia, além da boa oratória e retórica, era uma mulher refinada e educada. O pai era professor universitário de matemática e importante astrônomo, ele supervisionou todos os aspectos da educação de Hipatia. Sob sua tutela, ela estudava matemática, ciência, literatura, filosofia e artes, e ainda praticava vigorosos exercícios diários com ele.Estudou geometria e astronomia. Deu aulas no Museu juntamente com aqueles que haviam sido seus professores.  Sua paixão pela matemática e sua brilhante inteligência atraíam estudantes de várias partes do mundo. Um notável filósofo, Synesius de Cirene foi seu aluno e sempre lhe escrevia, através dessas cartas soube-se que Hipátia inventou alguns instrumentos para a astronomia (astrolábio e planisfério) e aparelhos usados na física, entre os quais o hidroscópio.

   Hipátia era pagã, e vivia em uma época de luta entre paganismo e cristianismo, que tentava se apoderar de todos os centros importantes então existentes, e por esse motivo infelizmente ela teve um destino trágico, foi assassinada pelos cristãos seguidores de São Cirilo, assaltada em plena rua, lapidada, seu corpo foi lacerado com conchas de ostra ou cacos de cerâmica, e seus membros ensanguentados foram exibidos nas ruas. Acredita-se que Hipatia, que manteve as tradições religiosas da Grécia apesar de o cristianismo ser a fé dominante em Alexandria, tenha sido vítima de uma disputa de poder entre seu amigo Orestes, o prefeito romano do Egito, e Cirilo, o patriarca cristão de Alexandria, que se comprometera a eliminar aquilo que ele considerava crenças religiosas heréticas. Inflamada por Cirilo, uma multidão a raptou e a assassinou em 415 d.C.

Alguns historiadores consideram a morte de Hipatia o marco do fim da era dourada da matemática grega. Duzentos anos mais tarde, Alexandria foi destruída pelos árabes, pondo fim à tradição acadêmica de mil anos da Universidade de Alexandria.

   Um triste fim não só à pessoa de Hipatia,mas também a todo o conhecimento documentado na biblioteca de Alexandria.